El territorio fue descubierto y habitado por grupos de cazadores y recolectores hace más de 30 mil años.

Hacia el año 9000 adC dio inicio el desarrollo de la agricultura en el territorio, aunque el cultivo más importante de la región, el maíz, no fue domesticado sino hacia el año 5000 adC. Las evidencias arqueológicas demuestran que la primera alfarería fue producida alrededor del 2500 adC, hecho que se toma como marcador del inicio de la civilización mesoamericana, en tanto que es definitorio de las sociedades sedentarias.

Mientras en el desierto del norte los grupos aridoamericanos continuaron subsistiendo gracias a la recolección y la cacería, en la parte meridional de México la agricultura permitío la transición de las sociedades igualitarias del período Preclásico temprano, (entre los años 2500 y 1500 adC) -basadas en las diferencias de género, edad y grupos de parentesco- a las más complejas del Preclásico medio, entre las que destaca la cultura olmeca.

Durante el Preclásico Medio se desarrollaron los sistemas de irrigación que permitieron la estratificación de la sociedad. Hacia el año 100 dC, la ciudad de Teotihuacan ocupó el lugar principal en Mesoamérica, y difundió su influencia hasta lugares tan lejanos como Costa Rica o Nuevo México.

En el siglo VIII de la era cristiana comenzó la decadencia de Teotihuacan, que cedió su lugar a numerosos Estados hostiles entre sí que dominaron cada uno regiones clave para la economía mesoamericana. Por el siglo X dC, estos Estados habían perdido su fuerza, al mismo tiempo en que llegaron del desierto las primeras tribus chichimecas. En el noroeste, los pueblos oasisamericanos se diferenciaron definitivamente del conjunto de Aridoamérica, y crearon una civilización propia cuyos vestigios más importantes en territorio mexicano se localizan en Paquimé.

Durante los siglos X al XII, el centro de México fue dominado por Tula, la capital de los toltecas. Esta ciudad estableció vínculos muy fuertes con varias regiones de Mesoamérica, pero particularmente con la península de Yucatán, donde se ubica la ciudad maya de Chichén Itzá.

En Oaxaca, mientras tanto, los mixtecos iniciaron un proceso expansionista que los llevó a ocupar los Valles Centrales donde habitaban los zapotecos. En 1325 los mexicas fundaron Tenochtitlan, la capital del Estado más extenso que conoció la Mesoamérica prehispánica, que sólo rivalizó con los purépechas de Tzintzuntzan.