En 1519, Hernán Cortés natural de Medellín (Badajoz) España, llegó a la isla de Cozumel y desde allí dio inicio a su incursión en el actual territorio de México.

El resultado de la expedición fue la derrota del estado mexica a manos de los españoles y sus aliados en 1521 Esto fue posible porque los pueblos sometidos por los mexicas, en especial los zempoaltecas y los tlaxcaltecas vieron en los europeos una oportunidad para liberarse del dominio tenochca.

Fueron por lo menos dos los hechos que desencadenaron las hostilidades entre españoles y mexicas. La primera, la matanza de Tóxcatl, encabezada por Pedro de Alvarado -Cortés no estaba en Tenochtitlan porque había salido a combatir a Pánfilo de Narváez a Zempoala- en plena celebración al dios Tezcatlipoca. El segundo fue la muerte de Moctezuma II, que según dice Bernal Díaz del Castillo fue muerto de una pedrada por el pueblo tenochca, aunque los informantes de Sahagún apuntan que fue muerto por los españoles que lo tenían cautivo.

Cuitláhuac y Cuauhtémoc fueron los últimos emperadores aztecas. El primero derrotó a los invasores el 30 de junio de 1520, y murió poco después en el huey cocoliztli (gran epidemia de viruela). Cuauhtémoc fue elegido tlahtoani, pero fue abandonado por la mayor parte de sus aliados. Finalmente se entregó y fue muerto por los españoles en 1521. Capturada Tenochtitlan, los españoles procedieron al sometimiento de los reinos independientes. Los pueblos mesoamericanos fueron sometidos casi todos en los siguientes cinco años a la caída de Tenochtitlan. Sin embargo, los grupos nómadas y seminómadas del norte siguieron en resistencia hasta el siglo XX, cuando los yaquis negociaron el armisticio con el ejército mexicano.

Con los militares españoles llegaron también misioneros que se dedicaron a convertir a los indígenas a la fe católica. De los religiosos que llegaron al país se destacaron Motolinía, Juan de Valencia, Bernardino de Sahagún, Diego de Landa , Junípero Serra , Juan de Aparicio y el muy controversial Bartolomé de las Casas.

Entre la caída de Tenochtitlan y el establecimiento del virreinato de Nueva España transcurrieron catorce años. En ese tiempo, el gobierno quedó primero a cargo de Hernán Cortés, que se autoproclamó Capitan General de Nueva España. Luego fueron nombradas las Reales Audiencias de México, dependientes de la Corona de España, con el propósito de realizar una mejor administración de la colonia.

El virreinato fue establecido en 1535, y su primer virrey fue Antonio de Mendoza. en su historia, la Nueva España fue regida por 62 virreyes de diferente importancia histórica, entre los que destacan Antonio María de Bucareli (1771-1779) y Fray Payo Enríquez de Rivera (1672-1680).

La base de la economía novohispana era la minera. Sin duda, el virreinato del Perú fue muy superior en la producción de metales preciosos (oro y plata) en los primeros años del colonialismo español en América. Sin embargo, el descubrimiento de nuevos yacimientos en el centro y norte del territorio (desde Sonora hasta el sur de la provincia de México) permitió que gradualmente la Nueva España ocupara el lugar de privilegio, especialmente en la extracción de plata. La minería permitió el desarrollo de otras actividades asociadas, especialmente los obrajes y la agricultura, que convirtieron a las regiones del Bajío o los valles de México y Puebla en prósperas regiones agrícolas y de actividad industrial incipiente.

El comercio de la colonia era realizado a través de dos puertos. Éstos fueron Veracruz, en el golfo, y Acapulco, en el Pacífico. A éste llegaba la Nao de China, una nave que transportaba productos de las islas Filipinas a Nueva España y de ahí a la metrópoli. El comercio coadyuvó al florecimiento de estos puertos, de la Ciudad de México y de las regiones intermedias entre ambos. Hay que señalar que hasta finales del siglo XVIII, con la introducción de las reformas borbónicas, el comercio entre las colonias españolas no estaba permitido.

La sociedad novohispana estaba fuertemente segmentada. Por un lado, existía toda una codificación acerca de las relaciones entre los grupos étnicos. Aunque nunca fue tan severa que no permitiera el intercambio cultural o el mestizaje biológico, sí había una definición de la posición que una persona ocupaba en la escala social de acuerdo con una supuesta mezcla de sangres. Mientras más sangre española, mejor posición, por ello los españoles penínsulares (o gachupines) ocupaban las posiciones de privilegio.

Durante el período colonial se gestaron muchas de las tradiciones populares e instituciones tradicionales que dan carácter al pueblo mexicano de la actualidad.

Uno de los pretextos tomados por los criollos para reclamar la independencia de las colonias españolas fue la ocupación francesa de España, a principios del siglo XIX. En varias partes de América Latina tuvieron lugar algunas rebeliones independentistas, algunas más exitosas que otras. México no fue la excepción. Los primeros intentos separatistas de Nueva España corresponden a la conspiración de La Profesa (nombrada así por el templo en el que se reunían los conspiradores a tomar chocolate y simular tertulias literarias, para ocultar sus intenciones reales), en la Ciudad de México. Este grupo contaba con cierta simpatía del virrey Iturrigaray, pero fue descubierta y aplastada. Sin embargo, en otras regiones del país había núcleos de rebelión, debido a la inconformidad de los criollos con su situación secundaria en la sociedad novohispana y la ocupación francesa de la metrópoli.

La conspiración de Querétaro sería finalmente la que desataría la revolución de Independencia de México. En la conspiración participaban, entre otros, los corregidores de la ciudad de Querétaro, Josefa Ortiz de Domínguez y Miguel Domínguez; Ignacio Allende e Ignacio Aldama, y el cura Miguel Hidalgo. Sería este último quien daría el llamado a la insurrección en el pueblo de Dolores, Guanajuato, el 16 de septiembre de 1810.

Tras varias victorias, entre las que destacan la toma de Guanajuato, Valladolid, y la derrota que propinaron a las tropas realistas en Cerro de las Cruces (a un tiro de piedra de la Ciudad de México), el ejército insurgente se retiró hacia occidente. Fueron derrotados en la batalla de Puente de Calderón por Félix María Calleja, a la postre, virrey novohispano. Las tropas realistas persiguieron a la insurgencia hasta apresarlos en Acatita de Baján, Coahuila. Los líderes fueron fusilados y sus cabezas exhibidas en las cuatro esquinas de la Alhóndiga de Granaditas, en Guanajuato. Esto fue en el año de 1811.

Para este tiempo, la insurgencia se había hecho fuerte en el sur de la intendencia de México. Al frente de la tropa se hallaba el cura y Generalísimo José María Morelos y Pavón, quien había recibido la orden directa de Hidalgo de encabezar la revolución en la Sierra Madre del Sur. Entre los triunfos más sonados de Morelos y su ejército (del que formaban parte, entre otros, Mariano Matamoros, los hermanos Galeana y los hermanos Bravo), se encuentra el sitio de Cuautla, que fue roto tras casi un año de asedio realista. Morelos convocó al primer congreso americano en 1813, en Chilpancingo, al que acudieron diputados de las provincias del naciente país, y promulgaron la Constitución de Apatzingán un año más tarde, sobre la base del documento escrito por Morelos, intitulado Sentimientos de la Nación.

Sin embargo, la necesidad de proteger al Congreso, y las contradicciones entre éste y el Generalísimo (que había rechazado el título y se hizo llamar Siervo de la Nación), terminaron por minar la capacidad bélica del ejército insurgente. Finalmente, fueron derrotados en Cuautla. Morelos fue conducido a la ciudad de México, donde fue enjuiciado, degradado, excomulgado y preso. Fue finalmente fusilado en San Cristóbal Ecatepec (que hoy se llama Ecatepec de Morelos en recuerdo del cura), en el año de 1815.

A esas alturas, el ejército insurgente había entrado en una fase francamente defensiva. Habían sido fusilados Matamoros y Morelos, muertos en combate fueron algunos de los Galeana (no todos: Pablo siguió combatiendo a los realistas en Zacatula, hasta 1822, cuando Vicente Guerrero le mandó a avisar que la guerra había terminado un año antes). Los únicos frentes fuertes eran el veracruzano, al mando de Guadalupe Victoria, y el de Vicente Guerrero, en el sur de México. En el norte, la campaña relámpago de Pedro Moreno y Francisco Javier Mina (un joven español de ideas liberales, recién desembarcado de España), había concluido desastrosamente, a pesar de sus triunfos iniciales.

De esta manera, la revolución popular de independencia mexicana se hallaba muy lejos del triunfo. El virrey Apodaca había ofrecido indulto a los insurgentes, lo que minó el ejército en resistencia. La oferta llegó a Guerrero por conducto de su padre, y la rechazó con la famosa frase la Patria es primero, que hoy está escrita con letras de oro en el Palacio Legislativo de San Lázaro.

Aprovechando la situación, algunos militares criollos -que habían combatido a los insurgentes durante los años anteriores- tomaron la dirección del movimiento. Agustín de Iturbide selló un pacto con Guerrero, jefe de los insurgentes surianos, en compañía de quien promulgó el Plan de Iguala en 1821. Poco tiempo después, llegó el nuevo virrey de Nueva España, Juan O'Donojú, que también sería el último, y que aceptó firmar el acta de independencia de México el 27 de septiembre de 1821.

Los primeros reconocimientos a la nación independiente provinieron de Chile, Gran Colombia y Perú. En 1825, los Estados Unidos reconocieron a la nueva nación hispana con los límites de 1820 establecidos por el gobierno estadounidense y la Corona de España, por el Tratado de Adams-Onís. Los límites estaban fijados por el paralelo 42ºN, las Rocallosas, el río Nexpentle, el río Rojo y el río Sabina hasta desembocar en el Golfo de México.