Durante casi todo el siglo XIX el joven país afrontó guerras intestinas por el poder. Tras la consumación de la independencia nacional, se discutía la forma de gobierno de la nueva nación.

El Plan de Iguala señalaba que a su independencia, México debía convertirse en una monarquía encabezada por un miembro del linaje de Fernando VII. Mientras se encontraba un candidato a la corona de México, se había instalado una Junta de Gobierno Provisional, ocupada por tres personas. Meses más adelante, en 1822, Agustín de Iturbide fue proclamado Emperador de México. En aquel tiempo, formaban parte del territorio mexicano el antiguo virreinato de Nueva España y el de la Capitanía General de Guatemala.

El Primer Imperio Mexicano duró apenas unos cuantos meses. Rápidamente se vio envuelto en una crisis financiera derivada de la necesidad de pagar los daños provocados por los once años de revolución independentista. Además, los grupos republicanos cobraban cada vez más fuerza. En el año de 1823, Antonio López de Santa Anna, Anastasio Bustamante. Vicente Guerrero y otros personajes importantes de la última etapa de la guerra de independencia proclamaron el Plan de Casamata, por el que desconocieron el gobierno de Iturbide y anunciaban la instauración de una república. El emperador intentó defenderse por medio de las armas, pero su ejército fue derrotado y él exiliado en ese mismo año. Con la derrota del Imperio, las provincias centroamericanas vieron la oportunidad de separarse de México, lo cual hicieron todas, salvo Chiapas, para formar las Provincias Unidas de Centroamérica.

Tras un breve interludio, presidido por una Junta Provisional, encabezada por Pedro Celestino Negrete, en 1824 el Congreso Constituyente promulgó la Constitución Mexicana que habría de regir a la República. Este documento asentaba que la nación adoptaba como forma de gobierno la república federal, con división de poderes. Éstos residirían en la Ciudad de México, y estaría integrada por estados federados y territorios federales. El Congreso convocó a elecciones en las que salió electo Guadalupe Victoria para el período de 1824-1828.

A partir de la conclusión del período de Victoria, la vida política mexicana se tornó inestable, debido a las pugnas entre la antigua aristocracia y el pequeño grupo de burgueses liberales del país. El personaje central a lo largo de la primera mitad del siglo XIX fue Antonio López de Santa Anna, quien repelió la intentona hispana por reconquistar México y ascendió al poder once veces: cinco de ellas como abanderado de los liberales y las otras seis como conservador.

En 1833 tuvo lugar el primer intento de reforma liberal profunda del Estado, encabezada por Valentín Gómez Farías (a la sazón presidente interino, pues Santa Anna se había retirado a descansar a su hacienda) y José María Luis Mora. La reforma fracasó por el regreso de Santa Anna a la presidencia, con el apoyo de los conservadores. En 1835 fueron promulgadas las Siete Leyes, una constitución de corte centralista, que ocasionó la declaratoria de independencia de Zacatecas (rebelión reprimida brutalmente por el general Cos) y Texas. Este último territorio, perteneciente al estado de Coahuila y Texas, se separó de México en 1836. Cinco años más tarde la República de Yucatán declaró su independencia, y no se reincorporaría a México hasta 1848.

El 6 de enero de 1843, fue proclamada la segunda república centralista de México, encabezada por Santa Anna. La vida de la república sería muy corta, pues tres años más tarde fue incapaz de enfrentar la invasión estadounidense, hecho que los liberales aprovecharon y terminaron por rehabilitar la constitución de 1824 el 22 de agosto de 1846.

Por esa época, México enfrentaba una guerra con Estados Unidos. Este país había anexado el Territorio de Texas en 1841, y en 1846 reclamó a México la posesión de la franja de tierra comprendida entre los ríos Bravo y Nueces. El límite de la provincia texana históricamente había sido el río Nueces, unos 300 km más al norte del Bravo, por lo que las reclamaciones eran infundadas. El gobierno estadounidense acometió contra México, y ocupó el país desde 1847 hasta 1848.

Durante la invasión a la Ciudad de México los ejércitos de Estados Unidos al mando de Winfield Scott torturaron y mataron a muchos soldados del Batallón de San Patricio, que colaboraron con la resistencia mexicana. Finalmente, el 14 de septiembre de 1847, los estadounidenses izaron su bandera en el Palacio Nacional. La guerra concluyó con la firma del Tratado de Guadalupe-Hidalgo, en el que México reconocía la frontera texana en el río Bravo y "cedía" los territorios de California y Nuevo México (cerca de 2.000.000 de km² que hoy conforman los territorios de California, Nuevo México, Arizona, Nevada, Utah, la mayor parte de Colorado y la región suroeste del Wyoming).

Tras la guerra con Estados Unidos, fue electo para la presidencia José Joaquín de Herrera. El gobierno de Herrera fue más o menos tranquilo, aunque las elecciones para relevarlo fueron presa de la división entre liberales y conservadores. Este nuevo conflicto se resolvió con la llegada de Santa Anna al poder, que gobernó por última ocasión la república entre 1853 y 1855. Santa Anna se autonombró dictador de México y gobernó con el título de Su Alteza Serenísima (el tratamiento fue elevado al rango de ley constitucional). Mientras tanto, la mayor parte del país seguía en la miseria. El colmo fue el aumento en el monto de los impuestos y la creciente corrupción del gobierno santaannista.

Por ello, en 1854 los liberales se fueron a la guerra, amparados en el Plan de Ayutla y encabezados por Juan Álvarez e Ignacio Comonfort. El movimiento, conocido como Revolución de Ayutla, concluyó con la renuncia y destierro de Santa Anna y la instalación de Álvarez como interino. Durante las presidencias de Álvarez y Comonfort, fueron promulgadas varias leyes de corte liberal, conocidas como Leyes de Reforma, que, entre otras cosas, establecieron la separación entre el Estado mexicano y la Iglesia Católica y anularon los privilegios de las corporaciones (incluidas las comunidades indígenas). La puesta en marcha de estas leyes dio lugar a un nuevo conflicto entre liberales y conservadores, conocido como Guerra de los Tres Años o Reforma.

Benito Juárez ocupó la presidencia interina de la república tras la renuncia de Comonfort, y fue convocado un nuevo congreso constituyente que promulgó el 5 de febrero de 1857 la nueva constitución mexicana, de orientación liberal moderada. Sin embargo, las reformas contempladas por la nueva constitución fueron motivo de una nueva rebelión conservadora en Tacubaya y, desconociendo el gobierno de Juárez, nombraron un presidente provisional. Las huestes de ambos bandos se enfrascaron en una guerra que concluyó con la victoria de los liberales en enero de 1861.

En ese mismo año, el gobierno de la república decretó la suspensión de pagos de la deuda externa, pues carecía de medios para pagarla. Francia, uno de los principales acreedores, instó a España e Inglaterra a presionar por la vía militar al gobierno mexicano. La marina de los aliados llegó a Veracruz en febrero de 1862. El gobierno mexicano se aprestó a negociar por la vía diplomática, y logró el retiro de los ingleses y españoles.

Los franceses bajo el mando de Napoleón III, por su parte, dieron comienzo a las hostilidades militares. Salvo la batalla de Puebla, ganada por el ejército de Ignacio Zaragoza y las milicias populares del estado, el resto de la campaña fueron victorias para los franceses, que tomaron la capital en junio de 1863. El gobierno republicano, con Juárez a la cabeza, se había trasladado a San Luis Potosí el 31 de mayo. Fue perseguido por los franceses, y finalmente se estableció en Paso del Norte. Mientras tanto, en la capital, el 10 de julio la Asamblea de Notables había nombrado como emperador de México a Maximiliano de Habsburgo. El Segundo Imperio Mexicano duraría hasta 1867, con la rendición de los conservadores y el fusilamiento del emperador en Santiago de Querétaro.

Juárez siguió en el poder hasta su muerte el 18 de julio de 1872. Los últimos años de su gobierno fueron duramente criticados por las diversas facciones en que se habían dividido los liberales. Para las elecciones de 1871, se presentaron como candidatos Sebastián Lerdo de Tejada, Porfirio Díaz y el mismo Juárez, quien ganó. A su muerte ocupó la presidencia Lerdo de Tejada, que elevó a rango de ley constitucional las leyes radicales de reforma promulgadas durante el periodo de 1855-1856. Cuando Lerdo intentó reelegirse, los porfiristas se levantaron en armas y lo derrocaron. Aunque por ley la presidencia debía ser ocupada por José María Iglesias, los porfiristas desconocieron su gobierno y finalmente Díaz ocupó la presidencia en 1876. Así comenzó el período que en la historia de México es conocido como Porfiriato.

La dictadura de Díaz sólo fue interrumpida por los cuatro años de gobierno de Manuel González, compadre del dictador, y evidentemente sometido a su poder. En este período las Leyes de Reforma (en especial la Ley Lerdo) sirvieron de marco para favorecer la concentración de tierras en manos de unos pocos terratenientes. Los campesinos eran enganchados para trabajar en las haciendas, y algunos grupos indígenas que se mostraban particularmente rebeldes, como los yaquis y los mayas fueron desterrados de sus lugares origen y obligados a trabajar hasta la muerte en lugares como Valle Nacional, el valle del río Yaqui o Yucatán.

El gobierno de Díaz favoreció la inversión extranjera. La cabeza de este plan de desarrollo económico fue José Yves Limantour, de ascendencia francesa y miembro del grupo de los Científicos. La mayor parte del capital invertido en México era francés, y en importancia seguían las inversiones inglesas, estadounidenses, alemanas y españolas. Minas, petróleo, ferrocarril, textiles, plantaciones de azúcar: todo ello estaba en manos de extranjeros.

Aparentemente el país prosperaba, pero esto sólo ocurría a costa de la miseria de la mayor parte de la población. Por ello, cuando en la famosa entrevista Díaz-Creelman, el dictador señaló que México estaba listo para la democracia, algunos personajes le tomaron la palabra y se presentaron a las elecciones de 1910, que ganó Francisco I. Madero. Díaz desconoció el resultado de los comicios y así inició la Revolución Mexicana.