La villa de São Paulo de Piratininga tuvo sus inícios el 25 de enero de 1554 con la construcción de un colegio jesuita, por los padres Manuel da Nóbrega y José de Anchieta, entre los ríos Anhangabaú y Tamanduateí.

Tal colegio, que funcionaba en un barracón rústico tenía por finalidad la catequesis de los pueblos indígenas que vivían en la región.

El poblamiento de la región comenzó en 1560, cuando Mem de Sá, gobernador general de la colonia, mandó a la población de la villa de Santo André da Borda do Campo hacia los alrededores del colegio, denominado “Colegio de São Paulo de Piratininga” – el nombre fue escogido porque el día 25 de enero la Iglesia Católica celebra la conversión del apóstolo Pablo de Tarso. De esta forma, la villa de Santo André da Borda do Campo queda extinta y São Paulo fue elevada a la categoría de villa.

São Paulo permaneció, durante los dos siglos siguientes, como una villa pobre y aislada del centro de gravedad de la colonia, y se mantenía por medio de labores de subsistencia.

Por ser la región más pobre de la colonia, tuvo inicio en São Paulo la actividad de los bandeirantes, que se dispersaron por el interior del país a la caza de indios, oro y diamantes. El descubrimiento de oro en la región de Minas Gerais hizo con que las atenciones del reino se fijaran en São Paulo, que fue elevada a la categoría de ciudad en 1711. Cuando se agotó el oro, a fines del siglo XVIII, se dio início al ciclo paulista del azúcar, que se abarcó por el interior de la provincia mientras la ciudad de São Paulo se encargaba de dirigir la producción hasta el puerto de Santos.

En 1828 se instaló la primera facultad de derecho, lo que dio un nuevo impulso al crecimiento de la ciudad con el flujo de estudiantes y profesores, junto con el crecimiento de la producción de café en las regiones de Campinas y Río Claro. En este periodo la provincia comenzó a recibir una gran cantidad de imigrantes, especialmente italianos, de los cuales muchos de establecieron en la capital, y comenzaron a instalar las primeras industrias.