 La provincia estuvo originalmente poblada por etnias del grupo ye, hacia el siglo XV comenzó la expansión de la cultura guaraní. El primer europeo en llegar a la región fue Sebastián Gaboto que, remontando el río Paraná en diciembre de 1527, halló los saltos de Apipé, los que no pudo pasar, situados en lo que posteriormente en épocas coloniales sería el límite de Misiones y Corrientes, siendo actualmente parte de esta última provincia. En 1541 Álvar Núñez Cabeza de Vaca llegó a las Cataratas del Iguazú en su viaje desde la isla de Santa Catarina hasta la villa de Asunción del Paraguay.
En el siglo XVII la Compañía de Jesús llegó a la zona. Estos jesuítas iniciaron su actividad creando reducciones. En pocos años, llegaron a crear 30 pueblos, en donde los guaraníes, que ya empezaban a practicar la agricultura, terminaron de adoptar el sedentarismo.
Los jesuítas crearon la llamada "Provincia de las Misiones" que originalmente tenía como límite oriental la Línea de Tordesillas y como límite septentrional (aproximado) el paralelo 20ºS (al este del río Paraná sus límites efectivos septentrionales estaban dados por el río Paranapanema o Paranapané, es decir, toda la región llamada La Pinería o La Guayrá. Los territorios de las Misiones se extendían por el norte de la Banda Oriental abarcando aproximadamente la mitad occidental de los actuales estados de Paraná y Río Grande do Sul. Pero al concluir el período llamado Unión de las Coronas en el siglo XVII la región misionera de La Guayrá quedó ocupada por el Brasil, debiendo exilarse al sur del río Yavavery los guaraníes misionenses que no habían sido esclavizados por los bandeirantes y mamelucos. Apenas pudo contenerse la invasión lusobrasileña en la feroz batalla de Mbororé (1641). Los límites con los gobiernos de Asunción y Corrientes también fueron problemáticos, en líneas generales se consideraba que el límite con el gobierno de Asunción estaba dado por el río Tebicuary y las cordilleras de Caaguazú, mientras que los límites con Corrientes se suponían en el río Miriñay (lo que explica que una de las capitales de las Misiones fuera hacia 1778 la ciudad de Yapeyú). Al ser expulsados los jesuitas la provincia de Misiones pasó a ser una gobernación subordinada, la mayor parte directamente subordinada al gobierno de Buenos Aires y la parte a la derecha del Paraná subordinada al gobierno de Asunción, hasta que el 6 de noviembre de 1726 se dispuso que esta última parte también pasara a depender de Buenos Aires. Entre los años 1754 y 1756 se llevó a cabo la guerra guaranítica que enfrentó a los guaraníes misioneros con España y Portugal, debido a la cesión de los siete pueblos de las Misiones Orientales a Portugal y la obligación de trasladarse al occidente del Río Uruguay. Después de la expulsión de los jesuitas, en 1767, se nombraron tenientes de gobernador en Candelaria y en Yapeyú. Nombrándose un gobernador para las Misiones en 1770 con sede en Candelaria, secundado por tres tenientes de gobernador en San Miguel, Santiago y Yapeyú. En 1782 se volvió a dividir la administración entre las Intendencias de Buenos Aires y de Asunción. El gobierno espiritual siguió a cargo de los Obispados del Paraguay y de Buenos Aires, según la ubicación de las reducciones a uno y otro lado del Paraná. En 1800 los lusobrasileños invadieron las Misiones Orientales que fueron incorporadas al Río Grande, perdiéndose los siete pueblos al este del Río Uruguay. Entre 1803 y 1805 Misiones volvió a tener un gobernador, pasando sucesivamente a depender de Asunción hasta el nombramiento de Tomás de Rocamora en diciembre de 1809, quedando los territorios al norte del Paraná definitivamente incorporados al Paraguay. Con todo, entre 1811 y 1821 la Revolución de Mayo provocó importantes vicisitudes en las Misiones: En 1811 Manuel Belgrano liberó el sector mesopotámico de las Misiones y estableció la capital en La Candelaria, la Junta de Buenos Aires nombró a Tomás de Rocamora, Gobernador Intendente de Misiones. Por el Tratado firmado entre Buenos Aires y Asunción en octubre de 1811 se establecía el Paraná como límite entre ambos, pero se dejaba en custodia del gobierno de Asunción el Departamento de Candelaria hasta la reunión de un Congreso General, manteniéndolo hasta 1815, en que fue ocupado por el caudillo Andrés Guazurary, federal y estrecho aliado de José Gervasio Artigas. Con Guazurary la provincia de Misiones recuperó durante un breve período gran parte de sus territorios al este del río Uruguay, pero tras la derrota del mencionado caudillo se intensificaron las incursiones predatorias de los lusobrasileños, lo cual significó la destrucción de todas las ciudades misioneras y la emigración de la mayor parte de sus habitantes, de modo que la hasta entonces rica provincia se transformó en un área salvaje. Por otra parte por Decreto del 10 de septiembre de 1814 el unitario Gervasio Posadas, director de las Provincias Unidas, al crear la Corrientes, anexó Misiones a su territorio, generando un problema de autonomía que se prolongó durante 70 años. En 1820 el Caudillo entrerriano, Francisco Ramírez, después de vencer a Gervasio de Artigas, se apoderó de Corrientes y de Misiones creando la "República de Entre Ríos", pasando a ser cada una de ellas un departamento hasta el 10 de julio de 1821 en que la República de Entre Ríos se disolvió conservando Entre Ríos el área entre el Arroyo Yeruá y el Río Mocoretá incorporados a las Misiones durante el gobierno de Juan de San Martín y que el decreto de Posadas había incluído en la provinvia de Entre Ríos. El territorio al sur del Río Aguapey quedó en 1822 bajo la tutela del gobernador santafesino Estanislao López, vencedor de Ramírez, como Comandancia General de Misiones, mientras que Candelaria volvió a dominio paraguayo. En 1828 durante la Guerra del Brasil el caudillo oriental Fructuoso Rivera recuperó brevemente las Misiones Orientales, pero tras el tratado de Paz le fueron devueltas al Brasil, produciéndose el éxodo de los guaraníes de las Misiones Orientales a la Banda Oriental. En 1827 Corrientes invadió los territorios misioneros que quedaban al sur del Río Aguapey, hasta que en 1838 tuvo lugar la ocupación paraguaya del resto del territorio, que se mantuvo hasta 1865, año en que se inicia la Guerra del Paraguay. Recién en 1876, tras el Tratado de Paz con la Argentina, Paraguay abandonó sus pretensiones sobre el territorio de Misiones. El 31 de julio de 1841, el gobernador correntino Pedro Ferré firma un Tratado con el Paraguay por el cual se reconoce como perteneciente a ese país San José de la Rinconada, Candelaria, Santa Ana, Loreto, San Ignacio, Corpus y San José hasta la Tranquera de Loreto y San Carlos, Apóstoles, Mártires y los otros pueblos que están en la costa de río Uruguay. El 22 de diciembre de 1881, por ley se federalizó a Misiones, separándola de la Provincia de Corrientes, creándose el Territorio Nacional de Misiones que recibió a su primer gobernador (coronel Rudencindo Roca) el 11 de enero de 1882. La nueva capital fue el pueblo de Corpus que pasó a ser llamado “Ciudad de San Martín”, sin embargo el gobernador residía en la actual ciudad de Posadas que seguía perteneciendo a Corrientes. Por la ley Nº 1.437 del 30 de julio de 1884 Posadas fue incorporada al Territorio Nacional de Misiones y declarada su capital. El 16 de octubre de 1884 la Ley Nº 1.532 que organizó los Territorios Nacionales en Gobernaciones. En 1890 la República Argentina debió reconocer la soberanía brasileña sobre el territorio delimitado por los ríos San Antonio, Pepirí Guazú, Uruguay, Iguazú, Chapecó y Chopim al este del entonces Territorio de Misiones. Estos dos últimos eran llamados Pequirí-Guazú y San Antonio Guazú por el gobierno argentino generando una confusión que dio lugar al litigio, al no poder determinarse cuales eran los ríos Pepirí-Guazú y San Antonio fijados como límites por tratados entre España y Portugal. Unos 30.000 km² debieron ser reconocidos al Brasil por laudo del presidente estadounidense Cleveland. El 10 de diciembre de 1953 la Ley 14.294 dispuso la provincialización del Territorio Nacional de Misiones.
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