Se desarrolla el clima subtropical sin estación seca, lo que convierte a Misiones en una de las provincias más húmedas del país. Los vientos predominantes son los del nordeste, sudeste y este.

La vegetación es la llamada selva misionera. Parte de ella ha sido transformada por el hombre para implantar cultivos o ganadería. El bioma original se encuentra protegido en el Parque Nacional Iguazú y otros parques y reservas provinciales.

El clima hace aproximadamente cuatro años está cambiando de manera preocupante en esta provincia. Cada vez hay menos días de frío y más sequías (en este clima no deberían existir). Esto se debe al calentamiento global y a la tala indiscriminada de árboles, que se practicó durante muchos años en esta provincia. En los últimos quince años se tomaron medidas de protección, controlando el uso racional de los recursos naturales, aunque todavía en algunas zonas de la provincia hay empresas que los explotan desmedidamente, por lo que se han expropiado tierras a algunas de éstas.

Otro problema es el de la gran cantidad de campesinos que talan la selva para realizar cultivos o ganadería, e instalarse a vivir con sus familias, ya que degradan la selva, y suelen matar animales salvajes que puedan causar daños al ganado o a los cultivos.

La fauna de la Provincia es muy rica en variedad, aunque la continua desaparición de la Selva Misionera ha puesto en peligro de extensión a gran cantidad de especies entres las que se encuentran: la harpía (Harpia harpyja), águila viuda (Spizastur melanoleucus), águila calzada barreada (Spizaetus ornatus), águila monera (Marphnus guianensis), pato serrucho (Mergus actosetaceus), yacutinga (Aburria jacutinga), macuco (Tinamus soitarius), guacamayo rojo (Ara chloroptera), papo rosa (Amazona vinacea), chorao (Amazona pretrei), maracaná cara afeitada (Ara maracana), zorro pitoco (Speothos venaticus), ocelote o gato onza (Felis pardalis), tatú carreta (Priodantes giganteus), aguará guazú (Chrysocyan brachyurus), mono carayá (Alouata guariba), venado de las Pampas (Ozotoceros bezoarticus), lobito de río (Lontra longicaudis), cuica o comadreja de agua (Chiranectes mininus), jaguar o yaguareté (Leo onca), oso hormiguero (Myrmecophaga tridactyla), margay o tirica, jaguarundí (Felis Yaguaraundi)y el yacaré overo (Caimán latirostris).

Desde el año 1989 el yaguareté, el tapir y el oso hormiguero pasaron a ser "Monumento natural provincial y de Interés Público", por medio de la Ley n° 2589 que prohíbe la caza y/o posesión de éstos animales en todo el territorio de la provincia de Misiones con el fin de lograr su preservación.

Originalmente, la Selva Misionera abarcaba cerca de 2.700.000 hectáreas, lo que representaba casi la totalidad del territorio misionero. Con las construcciones de las rutas nacionales 12, la 14 y otras tantas rutas provinciales se facilitó el acceso del hombre a casi todos los rincones de la provincia. La extracción de materia prima y el aumento poblacional junto con la expansión de las tierras usadas para el cultivo provocarón una grave disminución de la selva nativa. Actualmente, quedan unas 945.000 hectáreas lo que representa un 35% del territorio de Misiones.

Entre las especies más importantes se hallan el Cedro Misionero (Cedrela fissilis Vellozo), Lapachos (Tabebuia), Timbós (Enterolobium contortisiliquum), Ybira-Pitás (Peltophorum dubium), Pino Paraná (Araucaria angustifolia), Guatambú (Balfourodendron riedelianum), Peteribí (Cordia trichotoma), Anchicho (Parapiptadenia rigida), Palmeras (Euterpe edulis), Cedro Maco, Incienso (Myrocarpus frondosus), Laurel Blanco (Nectandra lanceolata), Laurel Negro (Nectandra megapotamica), Palo de Rosa (Aspidosperma polyneuron), Cancharana (Cabralea cangerana), Rabo-itá (Lonchocarpus leucanthus), la Maria preta (Diatenopteryx sorbifolia), la Mora blanca (Alchornea iricurana) y el Urunday (Astronium balansae).